경찰에 잠입한 누군가에 의해 유출된 N.O.C리스트. 그리고 전 세계 스파이들이 연이어 제거되는 사건이 발생한다. 한편, 코난과 친구들은 새로 개장한 수족관에서 우연히 의문의 여인과 마주친다. 두 눈의 색이 다른 ‘오드아이’인 그녀는 상처투성이인 온 몸에, 자신의 이름도 기억하지 못하는 상태. 그녀가 잃어버린 기억을 되찾을 수 있게 도와 주던 코난은 심상치 않은 기운을 느끼고, FBI, 경찰, CIA가 모두 그녀를 쫓고 있음을 알게 된다. 여기에 베일에 싸여 있는 검은 조직마저도 정체를 드러내고 그 여인을 쫓는데… 잃어버린 기억 속 숨겨진 비밀을 찾아, 그들이 움직인다!