펠릭스는 신비로운 일들이 가득한 ‘레온하트 학교’에서 4명의 단짝 친구들과의 생활이 마냥 즐겁고 행복하다. 하지만 몇일 전부터 학교의 설립자 ‘오토 레인하트’를 기리는 박물관에서 이상한 기운을 느낀 펠릭스는 학교가 위험해질 것 같아 마음이 좋지 않다. 한편, 설상가상으로 두바이로 이사가겠다고 갑작스런 소식을 전하는 아빠의 말에 화가 난 펠릭스는 “부모님이 내 말대로 할 수 있게, 입장이 바꼈으면 좋겠다”며 친구에게 푸념한다. 그런데! 정말로! 부모님이 작아졌다! 소원을 이룬 기쁨도 잠시, 힘들어 하는 모습에 미안한 마음이 든 펠릭스는 엄마 아빠를 원래대로 되돌리기 위해 의도하지 않은 모험에 빠지게 되는데..