소녀 아스나는 아버지의 유품인 광석 라디오를 통해 우연히 듣게 된 신비한 음악에 매료된다. 다시 그 음악을 듣기 위해 자신만의 비밀장소로 향하던 길에 괴물에게 습격을 받게 되고, 슌이라는 소년이 나타나 아스나를 구해준다. 아가르타라는 곳에서 왔다는 슌에게 두근거리는 감정을 갖게 된 아스나. 이튿날 그를 만나기 위해 약속 장소로 다시 가지만 슌은 나타나지 않는다. 실망감으로 슬퍼하던 아스나는 신임 교사 모리사키로부터 지하 세계의 신화에 대해 듣게 되고 그것이 슌과 관련이 있음을 직감한다. 슌과 꼭 닮은 신과 그를 쫓는 비밀 조직 아크엔젤의 추격전에 휘말리게 된 아스나는 지하세계로 가는 문 앞까지 이끌려오게 되는데...