중학생 큐는 어릴 적에 유괴당했을 때 자신을 구출해 준 탐정을 동경하여 세계 최고의 탐정이 되기로 마음 먹는다. 그 꿈을 실현하기 위해 전설의 명탐정 단 모리히코가 설립한 탐정 양성 학교 DDS에 입학한 큐는 단이 소유한 경시청 특별 공인 탐정의 칭호를 계승할 수 있는 자격이 주어진 Q클래스의 일원이 된다. 그리고 같은 Q클래스 멤버인 미나미 메구미, 아마쿠사 류, 나루사와 카즈마, 토오야마 킨타로와 때로는 서로 경쟁하고 협력하면서 단 모리히코의 후계자를 목표로 나아간다.