교외에 위치한 오래된 저택의 마루 밑에는 인간들의 물건을 몰래 빌려 쓰며 살아가는 소인들이 살고 있다. 그들의 철칙은 인간에게 정체를 들키면 그 집을 당장 떠나야 한다는 것. 14살이 된 아리에티는 부모님의 도움 없이 홀로 인간 세상으로 뛰어든다. 첫 목표는 각설탕. 생쥐와 바퀴벌레의 방해 공작에도 무사히 각설탕을 손에 넣은 아리에티는 두 번째 목표인 티슈를 얻으러 간 방에서 요양을 온 소년 쇼우의 눈에 띄게 된다. 인간은 무서운 존재라고 생각했던 것과 달리 쇼우의 다정한 모습에 조금씩 마음을 열기 시작한 아리에티. 마루 밑 세계의 규칙을 어기고 쇼우에게 다가가던 어느 날, 아리에티 가족에게 예기치 않은 위험이 찾아오는데...