2029년 알 수 없는 이유로 돌연변이들이 태어나지 않는 미래, 더이상 엑스맨은 없다. 갈수록 재생력이 약해져 늙고 수척해진 로건은 멕시코 국경지대 은신처에 찰스 교수를 보호 중이다. 뇌에 심각한 손상을 입은 찰스 교수는 과거를 제대로 기억하지 못하는 데다 간헐적으로 주변을 위협하는 발작까지 일으킨다. 찰스 교수와 함께 떠날 배를 사기 위해 리무진 기사로 일하며 돈을 모으는 로건. 어느 날 낯선 여인이 찾아와 돌연변이 소녀 로라를 캐나다 국경까지 데려다 달라고 부탁한다. 로건은 로라를 쫓는 기업의 경호집단을 피해 험난한 여정을 떠난다.