고질라의 샌프란시스코 공격으로 인해 아들을 잃은 상처로 엠마와 마크, 딸 매디슨 가족은 슬픔 속에 살고 있다. 미지의 생물을 연구하는 모나크 소속 과학자인 엠마는 또 다른 공격에 대비해 거대 괴수와 소통하는 주파수를 발견한다. 그러나 괴수들을 조종해 지구를 초토화 시키려는 테러 세력에게 딸 매디슨과 납치되고, 주파수로 모스라, 로단, 기도라 등 고대 괴수들이 하나 둘 깨어난다. 역대급 재난 상황에서 인류의 생존 자체조차 불투명해지고, 여기에 강력한 고질라의 등장으로 괴수들의 대결은 새로운 국면을 맞이한다. 또 다시 최악의 위기를 맞은 가족들은 어떻게든 함께 위험을 헤쳐나가야만 하는데...